Вопрос:
Подложки, поступающие с завода изготовителя, имеют на своей поверхности сложный спектр загрязнений — органических и неорганических, включающих материалы, попадающие при полировании и шлифовании поверхности, различные адсорбированные вещества, частицы пыли, отпечатки пальцев и т.д.
В этом предложении причастный оборот определяет слово «загрязнений», за которым непосредственно находится, поэтому выберем слово «включающих».
Синтаксическим недостатком текста является употребление подряд двух причастных оборотов: «включающих…», «попадающие…»
Для ясности изложения отредактируем текст так:
Подложки, поступающие с завода-изготовителя, имеют на своей поверхности сложный спектр органических и неорганических загрязнений, включающих материалы, которые попадают при полировании и шлифовании поверхности, различные адсорбированные вещества, частицы пыли, отпечатки пальцев и т. д.