Употребление сочетаний «филе утиное» или «утиное филе» зависит от контекста.
Обычно на ценниках, в перечне продуктов, в меню предприятий общественного питания на первом месте сначала стоит название продукта «филе», а затем уточнение, из чьего мяса оно приготовлено:

филе утиное.

В общеупотребительном использовании встречается сочетание «утиное филе»:

Бабушка приготовила утиное филе.
Я люблю утиное филе.
Мы закажем на ужин утиное филе.