Как правильно писать вначале или в начале было Слово?

В начале было Слово.

В этой фразе, процитированной  из Нового Завета в прологе к Евангелию от Иоанна, слово "в начале" пишется раздельно. Выясним почему. Исходное слово "начало" имеет предметное значение и отвечает на вопрос: что? По этим грамматическим признакам определим, что в системе частей речи русского языка это слово является именем существительным. Исследуемое существительное образует форму предложного падежа с предлогом: начало - (в чём?) в начале. Обычно эта грамматическая форма имени существительного с временным значением употребляется с зависимым словом в форме родительного падежа:

• в начале зимы;
• в начале урока;
• в начале лекции.

В русском языке также употребляется однокоренное наречие "вначале", которое зависит от глагола-сказуемого.

Вначале в аэропорту мы прошли таможенный контроль.

прошли (когда?) вначале, то есть сразу. В исследуемой библейской фразе употреблено не наречие, а имя существительное. Чтобы отличить его от наречия "вначале", которое пишется слитно, вдумаемся в смысл этого высказывания. В нем подразумевается отрезок времени (с предметным значением), важный в мироздании, в начале бытия, в начале сотворения мира,  а не обозначается обстоятельство времени. Это существительное с предлогом может иметь зависимые слова в виде существительного (в начале бытия), прилагательного или местоимения, которые можно поместить после предлога как самостоятельного слова, принадлежащего к служебной части речи:

В самом (древнем) начале было Слово.

Этот прием доказывает раздельное написание предлога с именем существительным. С наречием это проделать невозможно.