Чтобы узнать, какой корень слова «проверка», поступаем традиционно: подбираем родственные слова и выделяем в них общую смысловую часть:

проверять
проверить
проверочный
проверяющий (существительное)

Итак, общая часть провер- является корнем в слове «проверка».