Вопрос:
Если золотник — это мера веса, которая использовалась в старину, равная 4,2 грамма, то можно ли считать, что применение этого слова как единицы измерения привело к утрате отношения к слову «золото», кроме исторических связей. И корень слова устаревшей единицы измерения является «золотник»?
Ваши рассуждения верны.
В современном русском языке слово «золотник» как обозначение меры веса и название части оборудования утратило свою связь с существительным «золото».
Этимологический суффикс -ник- стал частью корня:
золотник_ — корень/окончание.