Любое слово делится на слоги в соответствии с количеством гласных звуков.

В слове «ягода» три гласных звука. Учтем, что буква «я» в абсолютном начале слова обозначает два звука [й’а].
Каждый гласный звук образует с согласным открытый слог.

Учитывая это, разделим это слово на фонетические слоги:

я-го-да

Перенос слова «ягода» не совпадает с его делением на фонетические слоги.