Слово «по одному» правильно пишется раздельно.
Как пишется «по одному» или «по-одному», раздельно или через дефис, определим, выяснив сначала часть речи, к которой принадлежит анализируемое слово.
Изначально слово «один» является количественным числительным, которое изменяется по падежам.
Убедимся в этом:
- и. п. один
- р. п. одного
- д. п. одному
- в. п. один или одного
- т. п. одним
- п. п. об одном
Числительное «один» изменяется также по числам и родам:
- один — одни;
- один человек, одна ваза, одно решение.
Чтобы выбрать нужное слово «по-одному» или «по одному», обратимся к определенной речевой ситуации.
Раздельное написание слова «по одному»
В предложении количественное числительное «один» может употребляться с существительным в форме дательного падежа с предлогом «по».
Примеры
По одному пути прошли уже многие.
Не делай выводов только по одному поступку человека.
По одному слову нельзя узнать о смысле высказывания.
Правописание наречия «по одному»
От количественного числительного образуется однокоренное наречие с помощью предлога по и суффикса -ому:
Охотники шли по одному по узкой тропинке.
Наречие не изменяется, зависит в предложении от глагола-сказуемого и отвечает на обстоятельственный вопрос:
шли (как?) по одному, то есть следуя друг за другом.
В русском языке обычно наречия, образованные с помощью приставки по- и суффиксов -ому/-ему, -и от полных форм прилагательных и местоимений, пишутся с дефисом согласно правилу орфографии:
- весенний — одет по-весеннему;
- вечерний — выглядит по-вечернему;
- мой — сделаем по-моему;
- приятельский — помочь по-приятельски.
Рассмотрим случай написания с дефисом слова «по-одному» в значении «иначе»:
Андрей хочет это сделать по-одному, а не по-другому, как советует Павел.
Чтобы усвоить раздельное написание наречия «по одному», прочтите примеры предложений.
Примеры
По этой узкой горной тропинке между скал можно пройти только по одному.
Скворцы залетали по одному в скворечник с кормом в клюве для вечно голодных птенцов.
К пруду за уткой гордо шествовали по одному желтенькие пушистые утята.
Telegram 
Одноклассники 
VK 
Как же так??? Не написали о самом главном! В орфографическом словаре: «по-одному, нареч. (сначала по-одному, а потом по-другому)»
В каком словаре приводится написание «по одному» с дефисом?
Раздельное правописание наречия «по одному» указываем согласно современным источникам:
Т. Ф. Ефремова Новый словарь русского языка (М., Рус. яз., 2000) наречие по одному
Орфографический словарь Российской академии наук (РАН) под ред. Лопатина, О.Е. Ивановой (М.,АСТ-ПРЕСС КНИГА, 2013) 896 стр. — по одному
Научно-информационный «Орфографический академический ресурс АКАДЕМОС» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН.
Подробная информация о словарной базе и расширенный поиск – на сайте orfo.ruslang.ru.
И это на портале «Грамота.ру» :
«по-одному, нареч. (сначала по-одному, а потом по-другому)
по одному (поодиночке, следуя друг за другом)».
Действительно, какому словарю верить?
Софременные орфографы «переобуваются» каждый год. У них нынче кофе и мужского и среднего рода одновременно. Хотя в правилах русского языка чётко сказано, что окончание -е — это признак среднего рода. Пишем, как сказал Даль. Числительное без дефиса, наречие — с дефисом.
Позвольте внести ясность в ваши рассуждения. Слово «кофе» заимствованное. Оно не изменяется по падежам. Это иноязычное неизменяемое слово не имеет окончания, обозначенного буквой «е». А если нет окончания, то о какой грамматической категории среднего рода идет речь? Это не слово «поле» или «море», которое имеет окончание -е и сочетается с местоимениями «оно», «моё».
В старину говорили «кофий», то есть в русской речи оформляли это иностранное слово как существительное мужского рода. Сравните: гербарий, серпентарий и пр.
В современном русском языке неодушевленное существительное «кофе» мужского рода:
горячий кофе;
ароматный кофе.
К «не подчиняется». С чего это Вы взяли ? Очень даже «подчиняется».